为提高医院管理效率，市中医院结合医院实际，勇于创新、规范管理，通过多种途径完善内部管理体系建设。
一是全面开展规范化管理专项整治。出台《淮安市中医院物资领用制度》《淮安市中医院专项资金管理制度》等制度，制定《淮安市中医院资产、物价管理专项整治活动方案》《淮安市中医院医保问题专项整治活动方案》，结合“经济管理年”活动，多科室联动，对存在的资产、物价管理问题以及医保管理漏洞进行系统性专项整治，进一步提高制度化建设水平。
二是实现院内审计制度化运行。结合院内整改项目，重点对年度财务收支及预算完成情况、年度大额资金投入及效益情况、年度工会收支情况及疫情捐赠物资进行审计，出具详细的审计整改报告，并进一步规范了招投标工作，充分发挥内部审计的监督作用，健全内部控制制度，规范内部管理。
三是运用信息化手段助推精细化管理。在互联网医院正式上线的基础上，推进院外延伸护理、电子陪护证等项目建设；OA办公自动化系统、HRP医院运营管理系统的运营，进一步提高管理信息化手段；自主开发并率先完成医保贯标系统改造，按计划完成DIP项目对接，相继实施医保智能监控系统、医保风险合规管理系统，进一步构建信息化管理体系，助推精细化管理水平的提升。
四是启动运营数据分析报告制度。综合三级公立中医医院绩效考核指标和运营发展要点和短板，建立运营数据分析报告制度。经过多次讨论和筛选，最终确定了对八个项目共76项运营指标进行每月统计分析报告，通过对关键指标的统计分析，实现对科室的个性化业务指导，推进管理精细化。
五是不断提升后勤管理和服务水平。增强后勤服务意识，成立专业清洗中心、后勤一站式服务中心，实现物资、药品配送、院内专项保洁、中药渣日清等新项目，有效增强了后勤保障能力。